Luise Werlen wurde 1981 in der Nähe von Bern geboren. Sie studierte Ägyptologie und Vorderasiatische Archäologie an der Universität Basel. Nach ihrem Studienabschluss im Jahr 2008 war sie als wissenschaftliche Assistentin an der Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften (ZHAW) tätig und absolvierte berufsbegleitend bis 2011 einen Master of Advanced Studies (MAS) in Kulturmanagement an der Universität Basel (mit einer Abschlussarbeit über Schweizer Berufsmusiker:innenverbände).
Von 2011 bis 2015 war Luise Werlen Geschäftsführerin beim Verein Musikschaffende Schweiz in Zürich. Anschliessend übernahm sie eine Tätigkeit in der Studienadministration der Philosophisch-Historischen Fakultät der Universität Basel, wo sie in den vergangenen Jahren u. a. für den Bereich Master zuständig war.